Ceritanya berkisah tentang Haruka Nanase, seorang anak laki-laki yang selalu suka berendam di air, dan berenang di dalamnya. Sebelum lulus SD, ia mengikuti turnamen renang bersama dengan sesama anggota klub renang, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki, dan Rin Matsuoka. Setelah mencapai kemenangan, masing-masing anak laki-laki berpisah. Waktu berlalu, dan di tengah kehidupan sekolah menengah mereka yang lancar, Rin muncul dan menantang Haruka untuk bertanding, menunjukkan Haruka kekuatannya yang luar biasa. Tidak ingin berakhir seperti ini, Haruka mengumpulkan Makoto dan Nagisa sekali lagi dan membawa anggota baru bernama Rei Ryugazaki untuk membuat Klub Renang SMA Iwatobi untuk mengalahkan Rin.
