Nijiiro Days mengikuti kehidupan penuh warna dan hubungan romantis dari empat anak laki-laki sekolah menengah — Natsuki Hashiba, seorang pemimpi dengan delusi cinta; Tomoya Matsunaga, seorang playboy narsis yang memiliki banyak pacar; Keiichi Katakura, seorang sadis keriting yang selalu membawa cambuk; dan Tsuyoshi Naoe, seorang otaku yang memiliki pacar cosplay.
Ketika pacarnya tanpa basa-basi mencampakkannya pada Malam Natal, Natsuki menangis di tengah jalan dan ditawari tisu oleh seorang gadis dalam setelan Santa Claus. Ia langsung jatuh cinta pada gadis bernama Anna Kobayakawa ini, yang untungnya bersekolah di sekolah yang sama dengannya. Pengejaran Natsuki terhadap Anna seharusnya sederhana dan lancar; Namun, yang membuatnya kecewa, teman-temannya yang usil terus-menerus ikut campur dalam hubungannya, karena mereka berusaha keras untuk berhasil dalam upaya cinta mereka sendiri.
