Kisah gelap Steins;Gate yang tak terhitung yang mengarah dengan ilmuwan gila eksentrik Okabe, berjuang untuk pulih dari upaya gagal menyelamatkan Kurisu. Dia memutuskan untuk menyerah dan meninggalkan alter ego ilmuwannya yang hidup, dalam upaya untuk melupakan masa lalu. Ketika semua tampak normal, ia tampaknya ditarik kembali ke masa lalu dengan bertemu seorang kenalan Kurisu, yang mengatakan kepadanya bahwa mereka telah mulai menguji perangkat yang menyimpan memori manusia dan menciptakan simulasi mereka dengan karakteristik dan kepribadian mereka. . Okabe mulai menguji dan mengetahui bahwa simulasi Kurisu telah membawa kembali kesedihan dan beberapa tragedi baru yang tidak terduga.
Zero adalah cerita sampingan yang mengeksplorasi peristiwa dari masa depan Beta Attractor Field yang berkontribusi dalam membuat akhir cerita aslinya menjadi mungkin.
